Przewodniczącego Komisji wyznaczał Premier spośród członków Rady Ministrów. Przewodniczący zwoływał posiedzenia plenarne Komisji oraz posiedzenia Prezydium Komisji. Robił to z własnej inicjatywy lub na wniosek co najmniej jednego z wiceprzewodniczących Komisji, po ustaleniu porządku posiedzenia Komisji. Przewodniczący Komisji mógł w wyjątkowym przypadku upoważnić pisemnie jednego z wiceprzewodniczących Komisji do zwołania posiedzenia plenarnego Komisji lub posiedzenia Prezydium Komisji. Przewodniczący Komisji, na wniosek co najmniej jednej ze stron Komisji, zawieszał posiedzenie Komisji.

Pracami Komisji kierowało Prezydium, w skład którego wchodzili przewodniczący Komisji i wiceprzewodniczący Komisji. Przedstawiciele każdej z organizacji pracowników i pracodawców wybierali po jednym wiceprzewodniczącym Komisji. Prezydium Komisji ustalało działania i harmonogram prac oraz porządek posiedzenia Komisji.

Do zadań Prezydium Komisji należało:

1. Ustalanie programu działania i harmonogramu prac Komisji uwzględniającego pilność spraw będących przedmiotem jej działania.
2. Ustalanie porządku posiedzenia Komisji przy uwzględnieniu charakteru i rodzaju spraw przewidzianych do rozpatrzenia, za wyjątkiem spraw, o których mowa w §20 Regulaminu Komisji.
3. Przedstawianie propozycji ustaleń w sprawach organizacyjnych.
4. Sporządzanie komunikatu z posiedzenia Komisji.
5. Zlecanie wykonania ekspertyz na rzecz Komisji oraz zespołów problemowych.
6. Przekazywanie uchwał i stanowisk Komisji organom władzy państwowej.
7. Występowanie na zewnątrz w sprawach dotyczących działalności Komisji.
8. Określanie zasad informowania opinii publicznej o pracach zespołów.
9. Rozpatrywanie spraw przekazanych przez Komisję, z wyjątkiem zadań, których realizacja przez Komisję wynika z odrębnych ustaw.
10. Wykonywanie innych zadań określonych przez Komisję.

Prezydium Komisji przy wykonywaniu zadań korzystało z pomocy sekretarzy Prezydium Komisji. Każdy z członków Prezydium wyznaczał po jednym sekretarzu.
Do zadań sekretarzy Prezydium Komisji należało:

1. Zapewnienie współpracy między członkami Prezydium i członkami Komisji.
2. Przedstawianie propozycji ustaleń w sprawach organizacyjnych.
3. Sporządzanie projektu komunikatu z posiedzenia Komisji.
4. Monitorowanie realizacji uchwał Komisji i decyzji Prezydium Komisji.
5. Organizowanie spraw proceduralnych oraz przepływu informacji w związku z działalnością Komisji i Prezydium Komisji.
6. Przedstawianie wniosków dotyczących funkcjonowania Sekretariatu Komisji.
7. Wykonywanie innych zadań zleconych przez Komisję.
8. Sekretarze Prezydium Komisji mają prawo do udziału w posiedzeniach Komisji.

Komisja obradowała na posiedzeniach plenarnych, które odbywały się w zależności od potrzeb, nie rzadziej jednak niż raz na 2 miesiące. Komisja mogła podejmować uchwały, jeżeli w głosowaniu brali udział: przedstawiciel Rady Ministrów, co najmniej jednej z organizacji pracodawców reprezentowanych w Komisji i co najmniej jeden z organizacji pracowników reprezentowanych w Komisji. Podjęcie uchwały przez Komisję wymagało zgody wszystkich ww. biorących udział w głosowaniu. Komisja mogła w drodze uchwały powoływać stałe i doraźne zespoły problemowe. Uchwała o powołaniu zespołu określała zadania zespołu oraz jego skład albo sposób ustalenia tego składu. Z posiedzeń sporządzało się komunikat. Zawierał on w szczególności uchwały i stanowiska stron. Przebieg posiedzenia Komisji i zespołów problemowych rejestrowało się na taśmie magnetofonowej. Z posiedzenia Komisji i zespołu Sekretariat Komisji sporządza protokół.

Komisja mogła zdecydować o podjęciu uchwały w drodze korespondencyjnego głosowania strony rządowej oraz każdej z organizacji pracowników i pracodawców. Głosowanie korespondencyjne było ważne, jeżeli wzięły w nim udział wszystkie strony. Podjęcie uchwały w ten sposób wymagało zgody wszystkich biorących udział w głosowaniu. Ponadto Komisja, w drodze uchwały, mogła przekazać Prezydium Komisji rozpatrzenie sprawy należącej do jej kompetencji, z wyjątkiem zadań, których realizacja przez Komisję wynikała z odrębnych ustaw. Członkowie Komisji i Prezydium Komisji mogli korzystać na posiedzeniu Komisji oraz Prezydium Komisji z pomocy zaproszonych przez siebie doradców. Przedstawiciele każdej z organizacji oraz strona rządowa mogli korzystać z pomocy jednego doradcy w sprawie objętej porządkiem obrad. Komisja uchwalała regulamin Komisji, który określał szczegółowe zasady i tryb pracy Komisji, Prezydium oraz zespołów, a także uprawnienia członków Komisji związane z udziałem w jej pracach.

Obsługę Komisji zapewniał sekretariat Komisji złożony z pracowników Departamentu Dialogu i Partnerstwa Społecznego Ministerstwa Pracy i Polityki Społecznej. Do zadań Sekretariatu należało zapewnienie obsługi administracyjno-biurowej: między innymi przesyłanie, z tygodniowym wyprzedzeniem, zawiadomień o terminach posiedzeń oraz niezbędnych materiałów, opracowywanie protokołów z posiedzeń plenarnych Komisji oraz spotkań zespołów problemowych, informacji z posiedzeń Prezydium, monitorowanie wykonania (stanu realizacji) ustaleń Komisji i zespołów. Sekretariat udostępniał członkom dokumentację dotyczącą Komisji, udzielał wyjaśnień i odpowiedzi na pytania dotyczące działalności Komisji oraz przygotowywał informacje zbiorcze. Posiedzenia Komisji, Prezydium Komisji i zespołów odbywały się w Ministerstwie Pracy i Polityki Społecznej oraz w Centrum Partnerstwa Społecznego „Dialog” przy Limanowskiego 23 w Warszawie. W szczególnych przypadkach posiedzenia Komisji mogły odbywać się w innym miejscu. Koszty działania Komisji były pokrywane z budżetu państwa w części dotyczącej urzędu obsługującego ministra właściwego do spraw pracy.

Każda ze stron Komisji posiadała – zgodnie z ustawą - następujące uprawnienia:

• prawo wniesienia pod obrady Komisji spraw o dużym znaczeniu społecznym lub gospodarczym, jeżeli uznała, że jej rozwiązanie jest istotne dla zachowania pokoju społecznego – szczegółowe procedury określa §20 Regulaminu Komisji;
• możliwość zajęcia, również wspólnie z inną stroną Komisji, stanowiska w każdej sprawie dotyczącej polityki społecznej lub gospodarczej;
• możliwość wezwania innej strony Komisji do zajęcia stanowiska w sprawie, którą uzna za mającą duże znaczenie społeczne lub gospodarcze.

Ponadto strona pracowników i strona pracodawców Komisji mogły zawierać ponadzakładowe układy zbiorowe pracy obejmujące ogół pracodawców zrzeszonych w reprezentowanych w Komisji organizacjach, lub grupę tych pracodawców oraz pracowników zatrudnionych przez tych pracodawców, a także porozumienia określające wzajemne zobowiązania tych stron.

Ustawa wprowadziła od dnia 1 lipca 2002 r. zmiany w przepisach ustaw ustalających ciała dialogu społecznego. Zmiany te dotyczyły:

1. Rady Ochrony Pracy powołanej ustawą z dnia 6 marca 1981 r. o Państwowej Inspekcji Pracy.
2. Naczelnej Rady Zatrudnienia, wojewódzkich rad zatrudnienia, powiatowych rad zatrudnienia powołanych ustawą z dnia 14 grudnia 1994 r. o zatrudnieniu i przeciwdziałaniu bezrobociu.
3. Rady Statystyki powołanej ustawą z dnia 29 czerwca 1995 r. o statystyce publicznej. 
4. Rady Nadzorczej Zakładu Ubezpieczeń Społecznych powołanej ustawą z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych. 
5. Krajowej Rady Konsultacyjnej do Spraw Osób Niepełnosprawnych, Rady Nadzorczej Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych powołanych ustawą z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych.
6. Rady Narodowego Funduszu Zdrowia powołanej ustawą z dnia 23 stycznia 2003 r. o powszechnym ubezpieczeniu w Narodowym Funduszu Zdrowia.

W każdej z ww. Rad członkami byli przedstawiciele organizacji pracodawców i związków zawodowych reprezentatywnych w rozumieniu ustawy o TK.